中国人民解放军新疆军区成立于1949年12月，时为二级军区，隶属西北军区建制。1955年5月升格为大军区，直属中央军事委员会领导。
1979年改称乌鲁木齐军区。1985年6月与兰州军区合并，同时成立新疆军区，为兵团级，隶属兰州军区领导。1992年4月因取消兵团级建制而改为正军级。1998年10月升格为副大军区级。
2016年2月1日，新疆军区转隶中国人民解放军陆军领导。 新疆军区现任司令员柳林。
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